设计引物原因,设计引物的目的是什么

引物设计需要考虑哪些因素?

① 特异性：引物应在保守区内设计并具有特异性，引物与非特异扩增序列的同源性不要超过70%或有连续8个互补碱基同源。② 引物长度： 一般在15~30碱基之间 ，引物有效长度Ln=2（G+C）+A+T，Ln值不能大于38。

长度 ，至少要16bp，通常为18-30bp 解链温度（Tm值）避免引物 内部 或引物之间存在互补序列（3个碱基），从而减少 引物二聚体 的形成以及引物内部 二级结构 的形成 G+C含量尽量控制在40%-60%之间。

引物设计原则 长度：15—30bp，其有效长度[Ln=2（G十C）十（A十T）]一般不大于38，否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度（74度），从而降低产物的特异性。

引物设计有 3 条基本原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应（即错配）。

为什么要设计简并引物

要设计简并引物是为了增强引物的通用性。简并引物通俗的讲是不完全相同的引物序列的混合物。使用简并引物是为了增强引物的通用性，即不同DNA序列的目的基因都可以用这种引物进行PCR扩增。

密码子具有简并性，单以氨基酸顺序推测编码的DNA序列是不精确的，但可以设计成对简并引物，扩增所有编码已知顺序的核酸序列。用简并引物时寡核苷酸中核苷酸序列可以改变，但核苷酸的数量应相同。

引物的3′末端不互补 引物的3′末端一定不能有很大的互补性，因为它们的互补会形成引物二聚体，这就会带来很大的问题，例如合成出非专一的产物，极大地减少所期望产物的得量。

由于充分考虑了密码的简并性，在这种混合引物中必定有一种引物是可以和该基因的DNA序列精确互补。

PCR的引物怎样设计,

1、引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。

2、引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。

3、引物5撇端可以修饰。引物3撇端不可修饰。引物3撇端要避开密码子的第3位。引物设计需要注意的地方很多，在大多数情况下，我们都是在知道已知模板序列时进行PCR扩增的。

4、pcr扩增中，如何设计引物？引物5撇端可以修饰。引物3撇端不可修饰。引物3撇端要避开密码子的第3位。引物设计需要注意的地方很多，在大多数情况下，我们都是在知道已知模板序列时进行PCR扩增的。

5、两条引物的 3’端避免有3个碱基以上的互补序列。 序列特异性：引物设计完毕请使用 NCBI BLAST功能检索引物特异性，以避免非特异性扩增产生。

6、引物设计原则：长度： 18~30 bp， 20 bp左右最为常用。引物过短易导致非特异性打增；较长引物特异性强，但退火效率低，且易形成二级结构，从而导致PCR产量少。

标签：引物设计目的原因什么